Driebeukige neogotische kruiskerk die in 1881 gelijktijdig met de belendende pastorie werd ontworpen door architect Everhardus Johannes Margry. Met name in het toenmalig bisdom van Haarlem heeft deze architect veel kerken gebouwd.

Het evenwichtig vormgegeven en fraai gedetailleerde gebouw is buiten en binnen nauwelijks gewijzigd. De slanke toren is uit de verre omtrek zichtbaar en domineert, samen met de Michaëlkerk, het silhouet van Oudewater.

In 1860 verhief de bisschop van Haarlem de statie Oudewater tot parochie.

Voordien hadden de katholieken gekerkt in een huis aan het Heilig Leven, waar zij in 1803 een kerkje hadden gebouwd, hetgeen het stadsbestuur hen oogluikend, maar wel tegen betaling, toestond.

Na het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie in 1853 konden de katholieken het heft weer in eigen hand nemen. De pastoors van Oudewater behoren al sinds 1709 tot de orde der Franciscanen.

Hotel de Doelen, oorspronkelijk het gebouw van de schutterij, werd aangekocht en voor de bouw van de kerk gesloopt. De nieuwe kerk, gewijd aan St. Franciscus, kon op 6 september 1882 plechtig worden ingewijd. De vervolmaking van het interieur heeft echter zeker tot 1917 geduurd. Bij de totstandkoming daarvan heeft onder andere de familie Putman, door middel van schenkingen, een belangrijke rol gespeeld.. Leden van de familie hebben bijgedragen aan de stichtingskosten en onder meer het hoogaltaar, en de zijaltaren, de klokken, en het orgel geschonken.

De kerk werd opgetrokken naar het voorbeeld van de vroege Franse gotiek, zoals Margry dat wel vaker deed. Het gebouw heeft een hoog en een breed middenschip, een even hoog opgetrokken transept en twee lagere zijbeuken. Aan de oostkant eindigt dit in een veelhoekig gesloten apsis met aan weerszijden een zijkapel en daar tegenover, boven de ingangspartij aan de kapellestraat, een 60 meter hoge toren.

Aan de kant van de toren is een doopkapel uitgebouwd, In alle gevels zijn gotische spitsboogvensters aangebracht van natuurstenen-rozettraceringen

Margry heeft onmiskenbaar de meeste aandacht besteed aan de hoofdingang en de brede zij-ingangen. Zoals toen gebruikelijk bij gotische kerken zijn de deuren van de hoofdingang iets teruggelegen aangebracht onder een spitsboog, die bestaat uit een aantal colonetten en ribben en die door een wimberg met kruisbloem erop wordt bekroond. Margry zelf schreef in het bouwkundig weekblad dat hij voor het exterieur baksteen had gebruikt en harde Udelfanger zandsteen en binnen, voor het beeldhouwwerk savonniere steen.

Wat aan het interieur het meest opvalt is de polychromie: geen enkel onderdeel bleef onbeschilderd.

De kerk is geheel overdekt door stenen kruisribgewelven. Korte, stevige kolommen met koolbladkapitelen dragen scheibogen tussen midden- en zijschepen.

Het hoofdaltaar en de altaren in de zijkapellen (1882) communiebank (1888) en de kruiswegstatie (1886) zijn, evenals het merendeel van het overige meubilair, afkomstig uit het atelier van Margry.

De gebrandschilderde vensters in de uiteinden van het transept stellen Franciscus voor, predikend voor de vogels en aan de andere kant de Goede Herder.

De vensters in de zijbeuken laten voorstellingen van apostelen zien.

Uit: Monumenten inventarisatie provincie utrecht.